การเลือกใช้ต้นพันธุ์ที่สมบูรณ์ คุณภาพดี ปราศจากแมลงศัตรูพืช และโรคระบาด เป็นเรื่องที่มีความสำคัญ นอกเหนือจากการเลือกใช้วิธีการเขตกรรมต่าง ๆ เนื่องจากท่อนพันธุ์ที่สมบูรณ์จะมีผลต่อความงอกและความอยู่รอดของมันสำปะหลังในแปลง เพื่อหลีกเลี่ยงความเสียหายดังกล่าว จึงควรตรวจสอบความงอกภายใน 2 - 3 สัปดาห์หลังปลูกแล้วเร่งปลูกซ่อมทันที การปลูกซ่อมช้าจะทำให้ต้นจากท่อนพันธุ์ที่ปลูกซ่อมเจริญเติบโตไม่ทันต้นที่ปลูกก่อน ส่งผลให้ผลผลิตต่อพื้นที่ลดลง อย่างไรก็ตามการปลูกซ่อมต้องมีค่าใช้จ่ายเพิ่มเติมทั้งด้านต้นพันธุ์และแรงงาน จึงควรเลือกใช้ต้นพันธุ์ที่สมบูรณ์ที่สุดมาปลูกเพื่อให้มีความงอกและความอยู่รอดสูงสุด ข้อควรพิจารณาในการเลือกใช้ต้นพันธุ์คุณภาพดี มีดังนี้
อายุต้นมันสำปะหลัง
ต้นพันธุ์ที่มีคุณภาพดี ควรมีอายุประมาณ 8 – 14 เดือน อาจสังเกตได้จากสีของลำต้นที่เปลี่ยนเป็นสีเข้ม หลีกเลี่ยงการใช้ต้นพันธุ์จากแหล่งที่มีโรคหรือแมลงระบาด หรือตรวจสอบว่าต้นพันธุ์ไม่มีโรคและแมลงติดมาด้วย เช่น โรคใบด่างมันสำปะหลังที่เกิดจากเชื้อไวรัสในสกุล Begomovirus และมีแมลงหวี่ขาวยาสูบเป็นพาหะ สังเกตุได้จากใบและลำต้น โดยจะแสดงอาการใบด่าง ใบหงิกงอ และลำต้นแคระแกร็น แต่ละส่วนของต้นพันธุ์มันสำปะหลังมีเปอร์เซ็นต์การอยู่รอดไม่เท่ากัน โดยพบว่าท่อนพันธุ์จากส่วนกลางของต้นจะมีเปอร์เซ็นต์อยู่รอด 69 – 84 เปอร์เซ็นต์ แต่ท่อนพันธุ์จากส่วนปลายของลำต้นมีเปอร์เซ็นต์อยู่รอดเพียง 35 เปอร์เซ็นต์ ต้นพันธุ์ที่มีอายุน้อยกว่า 8 เดือน เมื่อนำไปปลูกในแปลงจะสูญเสียความชื้นง่าย มีความงอกต่ำ ส่วนต้นพันธุ์ที่อายุ 14 เดือนขึ้นไป จะมีอัตราการงอกต่ำ งอกช้า รากน้อย เจริญเติบโตช้า และให้ผลผลิตต่ำ เมื่อต้นพันธุ์มีอายุมากจะมีสีน้ำตาลเข้ม มีขนาดใหญ่ แตกกิ่งมาก ซึ่งกิ่งที่แตกในระดับแรกอาจใช้เป็นท่อนพันธุ์ได้ แต่ต้องพิจารณาให้ดีว่ากิ่งดังกล่าวมีอายุพอเหมาะ
อายุการเก็บรักษาต้นพันธุ์หลังการตัดต้น
เกษตรกรควรใช้ต้นพันธุ์ที่สดใหม่ ตัดแล้วนำมาปลูกทันที หากต้องการเก็บต้นพันธุ์ไว้รอปลูก ให้รีบนำต้นพันธุ์ออกจากแปลงเพื่อป้องกันแดดเผาต้น นำมาเก็บรักษาโดยใช้วิธีมัดต้นพันธุ์แล้วนำมาวางตั้งเป็นกองไว้กลางแจ้งให้ส่วนโคนของต้นสัมผัสผิวดิน เมื่อเก็บไว้นาน ตาบนต้นพันธุ์จะแตกยอดอ่อนออกมา เกษตรกรควรตัดท่อนพันธุ์ส่วนที่แตกยอดอ่อนทิ้ง และเลือกเฉพาะส่วนที่ไม่มีการแตกยอดอ่อนไปปลูก วิธีนี้จะช่วยเก็บรักษาต้นพันธุ์ให้คงความสดไว้ได้นานกว่าการเก็บด้วยวิธีอื่น ๆ และสามารถเก็บไว้ได้นานถึง 2 เดือน อย่างไรก็ตามระยะเวลาในการเก็บรักษาต้นพันธุ์ยิ่งนานเท่าใด ส่วนของต้นพันธุ์ที่จะตัดเป็นท่อนพันธุ์ได้จะยิ่งน้อยลง และความงอกของท่อนพันธุ์ก็จะลดลงด้วย ดังนั้นท่อนพันธุ์ที่ดีไม่ควรเก็บไว้นานเกิน 15 – 30 วัน และแต่ละพันธุ์จะมีอายุการเก็บรักษาต้นพันธุ์แตกต่างกัน ดังตารางที่ 1
ตารางที่ 1 อายุการเก็บรักษาต้นพันธุ์ของมันสำปะหลังพันธุ์ต่าง ๆ
| พันธุ์ | ระยะเวลาเก็บรักษาต้นพันธุ์ |
| ระยอง 90 | ไม่ควรเกิน 15 วัน |
| ระยอง 5 ระยอง 9 และห้วยบง 60 | ไม่ควรเกิน 30 วัน |
| ระยอง 11 ระยอง 72 เกษตรศาสตร์ 50 และห้วยบง 80 | ไม่ควรเกิน 45 วัน |
ส่วนของต้นพันธุ์ที่ใช้
ส่วนของต้นพันธุ์ที่ใช้ปลูกมักใช้ส่วนกลางค่อนมาทางส่วนโคน ซึ่งจะมีเปอร์เซ็นต์ความงอกสูงกว่าการปลูกโดยใช้ส่วนปลายหรือส่วนยอด ไม่ควรใช้ส่วนของกิ่งมาปลูกเนื่องจากมีความงอกและความอยู่รอดต่ำกว่าส่วนของลำต้น ในการเตรียมท่อนพันธุ์ควรตัดส่วนปลายต้นที่มีตาห่าง ส่วนโคนต้นที่มีตาถี่มาก และส่วนที่มีบาดแผลจากการถูกสารกำจัดวัชพืชในช่วงที่ต้นยังเล็กทิ้ง
ขนาดและความยาวท่อนพันธุ์
ท่อนพันธุ์ที่สมบูรณ์ แข็งแรง และมีขนาดพอเหมาะสำหรับปลูกควรมีเส้นผ่าศูนย์กลางประมาณ 1.5 – 2.5 เซนติเมตร และมีความยาวท่อนพันธุ์ประมาณ 20 – 30 เซนติเมตร มีตาอยู่ประมาณ 5 – 6 ตาต่อ 1 ท่อนพันธุ์ การปลูกมันสำปะหลังในช่วงต้นฤดูฝนควรใช้ท่อนพันธุ์ยาว 20 – 25 เซนติเมตร ส่วนในช่วงปลายฤดูฝนใช้ท่อนพันธุ์ยาว 25 – 30 เซนติเมตร จึงจะให้เปอร์เซ็นต์ความงอกและความอยู่รอดสูง โดยปกติส่วนปลายของท่อนพันธุ์จะสูญเสียความชื้นจากสภาพอากาศที่ร้อนและแห้ง ทำให้ท่อนพันธุ์เริ่มแห้งจากส่วนปลายลงมา การใช้ท่อนพันธุ์ยาวในการปลูกมีข้อดี คือ มีจำนวนตาบนท่อนพันธุ์มากกว่าและถึงแม้ท่อนพันธุ์จะมีการแห้งจากยอด แต่ยังมีตาที่เหลือถัดลงมาซึ่งสามารถงอกได้ นอกจากนี้การใช้ท่อนพันธุ์ยาวยังช่วยลดความเสียหายจากการใช้สารกำจัดวัชพืชขณะที่ต้นยังเล็กได้มากกว่าการใช้ท่อนพันธุ์สั้น
ต้นพันธุ์ที่ปราศจากโรคและแมลง
ต้นพันธุ์ที่นำมาปลูกควรปลอดจากโรคและแมลง เช่น โรคใบด่าง ซึ่งเกิดจากเชื้อไวรัส หรือ โรคใบไหม้ ซึ่งเกิดจากเชื้อแบคทีเรียที่อาศัยอยู่ในท่อน้ำท่ออาหารภายในลำต้น โดยสามารถสังเกตอาการจากแปลงปลูกเดิมว่ามีต้นมันสำปะหลังที่เป็นโรคดังกล่าวหรือไม่ หากมีไม่ควรนำไปปลูกต่อ ควรนำไปเผาทำลายทิ้งและไม่ควรไถกลบเศษซากต้นลงไปในดินเนื่องจากเชื้อจะสะสมอยู่ในดินต่อไป นอกจากนี้หากบริเวณผิวของลำต้นมีเพลี้ยแป้งหรือเพลี้ยหอยอาศัยอยู่ก็ไม่ควรนำต้นพันธุ์นั้นมาใช้ปลูกเช่นกัน หรือต้นพันธุ์ที่ได้รับความเสียหายจากการใช้สารเคมีกำจัดวัชพืช เช่น สารพาราควอต ซึ่งเมื่อฉีดพ่นโดนบริเวณที่มีสีเขียวของลำต้นในช่วงอายุ 1 – 4 เดือนหลังปลูก พอลำต้นแก่ เปลือกลำต้นจะมีสีดำ แห้ง และปริแตก ไม่ควรนำมาใช้เป็นท่อนพันธุ์เนื่องจากมีเปอร์เซ็นต์ความงอกต่ำ