เป็นโรคที่ส่งผลต่อผลผลิตทั้งปริมาณและคุณภาพ โดยพบโรคนี้มากในพื้นที่ที่ระบายน้ำไม่ดี มีปริมาณน้ำฝนมากเกินไปหรือเป็นพื้นที่ที่เคยมีการปลูกกาแฟ ยาง หรือเป็นป่าไม้มาก่อน ในบางครั้งสามารถพบในพื้นที่ที่มีการชะล้างสูง สามารถเกิดได้ทั้งระยะ ต้นกล้า และระยะลงหัวแล้ว สาเหตุโรครากเน่าและหัวเน่าเกิดจากเชื้อราและเชื้อแบคทีเรียหลายชนิด เช่น  Phytophthora sp., Sclerotium sp., Rigidoporus (Fomes) lignosus

ลักษณะอาการ

จากเชื้อรา Phytophthora sp. แสดงอาการที่รากเป็นรอยช้ำสีน้ำตาลและเน่า บนต้นจะแสดงอาการเหี่ยวเฉา หากเข้าทำลายในระยะลงหัวจะทำให้หัวเน่าอย่างรวดเร็ว และมีกลิ่นเหม็น ใบเหี่ยวหลุดร่วง ถ้ารุนแรงจะส่งผลให้ต้นมันสำปะหลังตายได้

         จากเชื้อรา Sclerotium sp. จะสังเกตเห็นเส้นใยสีขาวเจริญอยู่ในดินบริเวณรอบโคนท่อนพันธุ์และราก บางครั้งอาจพบบนท่อนพันธุ์มีเม็ดกลมเล็กๆ ขนาดเท่าเมล็ดผักกาดเรียกว่า sclerotia ที่สร้างโดยเส้นใยเชื้อราชนิดนี้อยู่ ซึ่งจะเป็นส่วนขยายพันธุ์ของเชื้อ สามารถอยู่ในดินได้เป็นเวลานานหลายปี เมื่ออยู่ในสภาพแวดล้อมเหมาะสมเม็ด sclerotia จะเจริญเติบโตเป็นเส้นใยเข้าทำลายต้นอื่นต่อไป เส้นใยของเชื้อจะเข้าทำลายมันสำปะหลังทำให้ระบบรากเน่า ใบเหี่ยวและตายในที่สุด

การแพร่ระบาด

โดยส่วนใหญ่จะเกิดปัญหาเฉพาะบางพื้นที่และในพื้นที่ที่มีการระบายน้ำได้ไม่ดี

การป้องกันกำจัด

เริ่มจากการเตรียมแปลงปลูกให้มีการระบายน้ำได้ดี ไม่ควรปลูกในพื้นที่ที่มีน้ำท่วมขัง หรือใกล้ทางระบายน้ำ หากดินระบายน้ำไม่ดีควรปลูกแบบยกร่อง และทำความสะอาดแปลงก่อนการปลูก ทำลายหัวมันเน่าที่เป็นแหล่งเพาะเชื้อโรคและคิดเลือกท่อนพันธุ์ที่มีความสมบูรณ์ปราศจากโรคมาปลูก (อุดมศักดิ์, 2555)